Prezidenta SR volia od roku 1999 občania SR v priamych voľbách tajným hlasovaním na päť rokov. Právo voliť prezidenta majú občania, ktorí majú právo voliť do NR SR. Kandidáta na prezidenta navrhuje najmenej 15 poslancov NR SR alebo aspoň 15 000 občanov, na základe petície. Návrh sa musí odovzdať predsedovi NR SR najneskôr 21 dní od vyhlásenia volieb. Za prezidenta môže byť zvolený každý občan, ktorý je voliteľný do NRSR a v deň voľby dosiahol vek 40 rokov.
Za prezidenta je zvolený kandidát, ktorý získa nadpolovičnú väčšinu platných hlasov oprávnených voličov. Ak ani jeden kandidát nezíska potrebnú väčšinu, koná sa do 14 dní druhé kolo volieb. Do druhého kola postupujú dvaja kandidáti, ktorí získali v prvom kole najvyšší počet hlasov.
Zvolený kandidát sa ujíma funkcie zložením sľubu pred Národnou radou SR do rúk predsedu Ústavného súdu SR, napoludnie v deň keď sa má skončiť volebné obdobie predchádzajúceho prezidenta. Tá istá osoba môže byť zvolená za prezidenta najviac v dvoch po sebe nasledujúcich obdobiach.