Prvá možnosť na osídlenie Estónska sa naskytla, keď približne pred 10 000 – 14 000 rokmi z územia ustúpil kontinentálny ľadovec. Najstaršie známe osídlenie v Estónsku bolo objavené pozdĺž rieky Pärnu, v blízkosti mestečka Sindi (pri dedine Pulli na pravom brehu rieky Pärnu). Toto sídlisko vzniklo niekedy v 8. tisícročí pred Kr.Estónsko prijalo kresťanstvo po dobytí južnej časti Estónska nemeckým križiackym Rád mečových bratov a severnej časti Dánskom. Reformáciou sa kresťanské obyvateľstvo ďalej vyprofilovalo a prijalo luteranizmus.Celé Estónsko padlo do podnáručia západných krajín v roku 1227, keď rád nemeckých rytierov získal kontrolu nad ostrovom Saaremaa. Okrem križiakov a Dánov bolo Estónsko postupne v područí Švédska, Poľska a nakoniec Ruska (od roku 1710 de facto a od roku 1721 aj de jure - Nystadská zmluva). Šľachta a vyššia trieda bola až do roku 1918 z prevažnej väčšiny nemeckej národnosti. V priebehu druhej svetovej vojny (konkrétne: na jeseň roku 1939) rozhodol Hitler o vysťahovaní pobaltských Nemcov z Estónska. Väčšina z nich poslúchla a do konca roku bolo do Nemecka presťahovaných cca. 14 000 ľudí. Zvyšok vysťahoval po vojne Stalin.Po páde cárskeho Ruska, v dôsledku Októbrovej revolúcie vyhlásilo Estónsko 24. februára 1918 nezávislosť, čo sa nestretlo s pochopením na ruskej strane. Nasledovala vojna za nezávislosť, ktorá skončila víťazstvom estónskych síl, čo bolo potvrdené zmluvou z Tartu podpísanej 2. februára 1920.