V roku 1073 sa dostal na pápežský stolec odchovanec clynyjského kláštora Gregor VII. Bol zástancom myšlienky, že by mal byť pápež ako nástupca prímasa apoštola – sv. Petra uznávaný za najvyššiu morálnu a du-chovnú autoritu kresťanského sveta. Starší poriadok však poskytoval panovníkom európskych pokresťančených národov a najmä franským kráľom a cisárom tzv. Svätej Rímskej ríše veľký priestor pre riešenie interných cirkevných otázok. Králi a cisári značne ovplyvňovali pápežov a ich biskupov. V duchovnej moci cirkevného duchovenstva videli spôsob, ako ovládať masy. A bohatstvo, ktoré Cirkev počas christianizácie rôznymi darmi a zbierkami nadobudla, predstavovalo tiež spôsob, ako sa obohatiť či zabezpečiť si vplyv, najmä v čase rastu bohatstva francúzskej a nemeckej vysokej šľachty. Preto odpor nového pápeža Gregora VII. a jeho snaha zachovať nezávislosť Cirkvi od svetskej moci sa stali tŕňom v oku pre európskych panovníkov či feudálov. Tak vypukol boj o investitúru. Tento spor začal pri obsadzovaní postu milánskeho arcibiskupa, kedy pápež podporoval iného kandidáta než cisár. Investitúra spočívala v tom, že biskupov a kňazov uvádzali do úradu svetskí predstavení. Zvolený biskup sa mohol ujať svojho úradu až po zložení sľubu panovníkovi. Boj o investitúru sprevádzalo aj značné svätokupectvo, keď panovníci predávali cirkevné úrady aj nehodným laikom. Podľa nariadenia Gregora VII. z pôstnej synody roku 1075, malo byť každé svetské knieža exkomunikované, ak by si uplatňovalo právo udeľovať investitúru. Odmietavý postoj Gregora VII. rozhnevalo nemeckého cisára Henricha IV., ktorý svojimi vojskami napadol sídlo pápeža a poštval ho do vyhnanstva. Neskôr sa však pápež vrátil a Henricha exkomunikoval. Zakázal jeho poddaným poslúchať ho a zbavil ich prísahy vernosti. Keďže kliatba bola účinná a Henricha postupne opúšťali mnohí prívrženci, v kajúcnom rúchu sa postavil na tri dni celkom bosý a hladný pred bránu pevnosti Canossa, kde sa Gregor VII. zdržiaval. Pápež mu odpustil a rozhrešením ho prijal späť do Cirkvi. Celý boj však pozvoľna pokračoval a skončil definitívnym víťazstvom pápeža. Roku 1122 sa pápež Kalixt II. a nemecký cisár dohodli na kompromise, ktorý uznal právo pápeža menovať do funkcie kresťanských biskupov. Táto dohoda je známa v dejinách ako Wormský konkordát. Po ňom sa stala Cirkev rozhodujúcim duchovným i mocenským činiteľom v Európe. Pápežom sa konečne podarilo zabezpečiť si uznanie svojej autority medzi biskupmi. Ich podriadenosť Rímskej kúrii definovala aj špeciálna zbierka cirkevných noriem a pravidiel, známej ako Kanonické právo. Hierarchická Cirkev na čele s pápežom sa stala pevne zakorenenou duchovnou i politickou inštitúciou kresťanského západného sveta. Za takýchto priaznivých podmienok, v ktorých sa Cirkev duchovne i materiálne prudko vzmáhala, sa zrodila idea pápežskej svetovlády. Nositeľom tejto idey bol jeden z najväčších pápežov histórie – Inocent III. (pontifikát 1198-1216). Podľa neho by mal byť pápež vodcom celého západného sveta, ktorý spája jedna viera. Takto sa Cirkev začala vzďalovať od svojho duchovného poslania, ktoré jej zveril Ježiš Kristus, a pretvárala sa na skutočnú politickú mocnosť. To malo za následok mravný a náboženský úpadok života veriacich. A tak sa začali šíriť myšlienky o dôkladnej reforme jej vnútorného života. Najúčinnejší spôsob ako volať po zmenách niesli vo svojich myšlienkach tzv. mendikanti resp. žobravé rehole. Medzi ne zaraďujeme predovšetkým františkánov a dominikánov. Františkánov zrodila hlboká sociálna kríza v 12. storočí. Široké masy vtedy žiadali obnoviť apoštolskú chudobu Cirkvi. V tom obodobí sa rozšírili mnohé reformné sekty, ktoré videli koreň sociálnej nespravodlivosti a zla v bohatstve kňazstva a rehoľníctva. Františkáni však boli úspešní aj v boji s reformátormi aj sektami, a zároveň privádzali k zamysleniu cirkevný klérus. Boli to jednoduchí mnísi, ktorí chodili v drevených sandáloch a za hriech označovali každý, aj poctivo získaný majetok. Františkánske hnutie, ktorého zrod zabezpečil sv. František z Assisi, sa od začiatku delilo na tri rády: mužský (1209), ženský – klarisky (1212) a tzv. tretí rád pre laikov, mužov i ženy (1221). Františkánsku rehoľu schválil pápež v roku 1223. Roku 1215 sv. Dominik zakladá druhú veľkú žobravú rehoľu – rehoľu bratov kazateľov (dominikáni). Z ich radov neskôr vyšlo mnoho významných učencov a profesorov európskych univerzít.