Po Pribinovi pokračoval v šírení kresťanstva aj Rastislav. Usiloval sa upevniť nezávislosť svojej krajiny spod vplyvu Franskej ríše. Asi roku 861 sa obrátil na pápeža Mikuláša I. so žiadosťou o zriadenie vlastného biskupstva a poskytnutie misionárov ovládajúcich slovienský jazyk.Pápež sa k tomuto kroku neodvážil, kedže si chcel udržať dobré styky s Franskou ríšou. Preto sa Rastislav obrátil na Byzantského cisára Michal III. Ten mu vyhovel a na naše územie poslal dvoch solúnskych bratov Konštantína a Metoda. Týchto dvoch bratov určil cisár za vedúcich misie na Veľkej Morave. Konštantín a Metod zostavili slovanské písmo - hlaholiku. Následne na to začali prekladať Evanjeliá. Koncom jesene 863 prišli Konštantín a Metod so svojim sprievodom na Veľkú Moravu.Popredné úlohy tejto misie boli: výchova domácich kňazov, šírenie kresťanstva a bohoslužby v domácom jazyku.V sídle kniežaťa Rastislava bolo založené slovanské učilište.Pôsobenie byzantskej misie, najmä používanie slovienskeho jazyka v liturgii, narážalo na odpor franských kňazov. Preto sa vydali solúnski bratia na prvú cestu za obhajovaním svojho učenia. Zastavili sa u Koceľa na Blatenskom kniežactve. Pôvodne mali ísť do Carihradu, ale keď sa dozvedeli o smrti Michala III. odobrali sa do Benátok. Pápež Mikuláš I. ich pozval do Ríma, pretože sa dopočul, že nesú so sebou ostatky pápeža Klimenta. Pápež Mikuláš však medzitým zomrel a jeho nástupca Hadrián II. ich slávnostne prijal a schválil slovienský jazyk ako liturgický jazyk. Metod a niektorí žiaci boli v Ríme vysvätení za kňazov. Chorľavý Konštantín vstúpil do kláštora a prijal meno Cyril. Roku 869 zomrel vo veku 42 rokov. Metod sa spolu so svojimi kňazmi chcel vrátiť späť na Veľkú Moravu. Zastavil sa však u Koceľa a ten mu odporučil, aby sa vrátil do Ríma a požiadal pápeža o vysvätenie za biskupa. Pápež Hadrián II. mu vyhovel a zriadil aj novú samostatnú misijnú cirkevnú moravsko-panónsku provinciu podriadenú priamo Rímu.Medzitým na Veľkej Morave prebiehalo povstanie a boje s Franskou ríšou. Bavorskím biskupi, ktorí boli nespokojní s výhlásením Ríma zajali pápežského legáta a arcibiskupa Metoda. Postavili ho pred súd. Po tom, čo sa dostal k moci Svätopluk sa aj veci okolo Metoda začali meniť. Ujal sa toho pápež Ján VIII. Zakročil proti bavorským biskupom a vyslal svojho legáta, aby uviedol Metoda do úradu arcibiskupa. Po uzavretí mieru s Franskou ríšou sa počet latinských duchovných začal zväčšovať. Aj keď všetci podliehali pod Metoda nedalo sa všetkému zabrániť.Roku 878 bol pápež informovaný o sporoch medzi Metodom a latinskými kňazmi. Pápež vypočul obidve strany a to Metodovi prinieslo úplnú rehabilitáciu. Odobril aj liturgický jazyk a všetko to potvrdil bulou - Idustriae tuae. Aby uspokojil opačnú stranu vysvätil kňaza Wichinga za biskupa pre nitriansku cirkev. Bol však podriadený Metodovi. Po Metodovej smrti(885) sa Wiching postaral o zakázanie staroslovienskej liturgie. Ostatné vedúce osobnosti Veľkomoravskej staroslovienskej školy odišli do Bulharska alebo Chorvátska.