Pojem predtým používaný pre všetky prokaryotickej mikroorganizmy. V súčasnosti sa odporúča používať názov baktérie iba pre zástupcu nadříše eubaktérie. Baktérie sú jednobunkové, všadeprítomné prokaryontické mikroorganizmy, veľké niekoľko um (od 0,6 um u chlamýdie do 5000 um u špirálovito zakrivených baktérií). Tvoria asi polovicu všetky živej hmoty na Zemi. Majú najrôznejšie tvar (najčastejšie sú tyčinky, zakrivené alebo špirálovité tyčinky alebo guľovité koky). Ich dekompoziční úloha vo všetkých ekosystémoch je nezastupiteľná; odbúravajú odpadové produkty a mŕtve telá a vracajú živiny späť do kolobehu (napr. ročne vráti asi 50 mld ton uhlíka). Bez ich činnosti by na Zemi neexistoval život. Niektoré druhy sú patogénne (baktérie vyvolávajúce najrôznejšie ochorenia, najmä infekčné. Ich výskum, lekársku mikrobiológiu, začal v 19. storočí R. Koch. Na začiatku 20. storočia patrili infekčné choroby k hlavným príčinám úmrtí; v súčasnosti je medzi prvými desiatimi príčinami úmrtí iba jediná skupina infekčných ochorení - choroby postihujúce dýchacie cesty spôsobované baktériami a vírusmi), iné človek využíva v procese klasickej kvasné výroby (napríklad pri výrobe syrov, octu, kyslej kapusty a pod) a pre priemyselnú výrobu najrôznejších látok (napr. aminokyselín, antibiotík, vitamínov C, enzýmov do pracích prostriedkov, na čistenie odpadových vôd). Baktérie predstavujú významné modelové organizmy (najjednoduchšie živé sústavy) pre vedecký výskum. Nejprozkoumanějším organizmom na svete je baktéria Escherichia coli.