Pôvodne gotický jednoloďový kostol.

V 17. storočí bol spojený s minoritským kláštorom a v 18. storočí barokovo prestavaný do súčasnej podoby.

Po nariadení panovníka Leopolda I. bol v r. 1673 kostol odovzdaný reholi minoritov. Minoritský kostol sa dočkal rozsiahlejšej prestavby až v polovici 18. storočia. Prestavbu viedol prešovský staviteľ Gašpar Urlespacher v r. 1753-1754. Sanktuárium orientovali na západ, hlavný vstupný portál bol premiestnený na východnú stranu (do ulice). Novovybudované hlavné priečelie bolo ešte väčšmi zvýraznené bohatou barokovou výzdobou. V priestore chrámovej lode boli vstavané dve bočné kaplnky, a to na severnej a južnej strane. Tretia kaplnka vznikla v priestore pod vežou, tiež na severnej strane. Nad novovybudovaným chórom bola zachovaná cenná gotická sieťová klenba, pričom z pôvodného špitálskeho kostola sa ešte zachovala časť múru s opornými piliermi a uvedenou kostolnou vežou.

Práce v interiéri kostola pokračovali ďalej a v r. 1757 vznikli štyri väčšie fresky zo života sv. Jána Krstiteľa. Ich autorom bol dnes neznámy košický maliar. Dodnes sú zachované na strope chrámovej lode.

Ďalšia úprava kostola sa realizovala až v r. 1835, keď už kostol patril od r. 1818 gréckokatolíckemu biskupstvu. Bol upravený oltár, vytvorený ikonostas, biskupský trón, kazateľnica a kanonické lavice. Autorom ikonostasu (1846) je sochár Juraj Román a viedenský maliar Albert Fikas, Ignác Roskovics (1854-1915) je autorom malieb nad vchodom do oboch kaplniek. Mikuláš Jordán (1892-1972) namaľoval nástenný obraz Stretnutie Simeona so Synom Božím a obraz na kazateľnici Kristus rozsievač. Z liturgických predmetov je cenný kalich od zlatníka Jána Szylassyho, evanjeliár od neznámeho majstra, biskupská berla, ktorú venoval biskupovi Jánovi Vályimu (biskup v r. 1883-1911) cisár František Jozef I.

Pod chrámom je rozsiahla krypta. V nej sú pochovaní piati biskupi, kanonici, členovia rádu minoritov a jezuiti.

V 50. rokoch bol chrám daný do užívania pravoslávnej cirkvi, keď bola v Československu zrušená gréckokatolícka cirkev. Naspäť sa jej vrátil v r. 1968, po znovuobnovení gréckokatolíckej cirkvi. V r. 1977-1980 sa pristúpilo k jeho generálnej renovácii, ale k rozsiahlejšej rekonštrukcii celého komplexu došlo až v r. 1994-1995.

Nepochybne najvýznamnejšou udalosťou v histórii katedrálneho chrámu sv. Jána Krstiteľa i biskupského paláca, ako aj celej gréckokatolíckej diecézy bola návšteva pápeža Jána Pavla II. dňa 2. júla 1995, keď vykonával oficiálnu návštevu Slovenskej republiky v dňoch 30. 6. - 3. 7.1995.